Нужно паставить флаг Отключить контроль прав у пользователя, которого Вы определили как администратора (полный доступ)

Абсолютно верно, если необходимо создать ЧИСТУЮ базу с той же структурой, что исходная.
Но если необходимо сохранить справочники, например контрагенты, номенклатура, то такой способ не эффективен, придется переносить эти справочники в новую базу.

А что делали? очищали от документов с помощью Удаление.cmd ?
Если да, то скорее всего на эти документы были ссылки откуда-то, например из справочников. И после тестирования и исправления 1С попыталась восстановить эти ссылки, тем самым создала документы.
Вариантов решения данной проблемы несколько:
1. Ничего не делать.
2. Необходимо удалить из справочников ссылки на эти документы, это уже интереснее, надо смотреть конкретно что за справочники и что за ссылки.

1. В каталоге Extdb хранятся внешние базы данных, например КЛАДР, классификатор банков. В принципе можно удалить эту папку, но тогда все эти классификаторы необходимо будет переустановить (подключить).
2. Насчет папки ExtForms. В этой папке хранятся внешние отчеты и обработки, в папке PrnForms - подключаемые печатные формы документов. Эти папки удалять не следует. А вот в папках вида Rp09q4.grp лежат формы регламентированной отчетности, где 09 - это год, 4 - квартал. Если формы за этот период использоваться не будут (например старые периоды) то их можно смело удалить.

Кстати, Вы пишите, что база умеьшилась до 470 мб, из них 300 - extdb и 200 - extforms. Это как так получилось? :-)

Dosperanso,
в зике тоже должно сработать.

Не желательно, а обязательно.
Причем, поставить все галки, в том числе и "Упаковка таблиц информационной базы".

Эта процедура исправит все ошибки, которые скорее всего будут после столь варварского способа, а заодно сожмет базу